Model-based Analysis of ChIP-Seq

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[Abstract] We present Model-based Analysis of ChIP-Seq data, MACS, which analyzes data generated by short read sequencers such as Solexa’s Genome Analyzer. MACS empirically models the shift size of ChIP-Seq tags, and uses it to improve the spatial resolution of predicted binding sites. MACS also uses a dynamic Poisson distribution to effectively capture local biases in the genome, allowing for more robust predictions. MACS compares favorably to existing ChIP-Seq peak-finding algorithms, and is freely available.

机器学习之分类性能度量指标 : ROC曲线、AUC值、正确率、召回率

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在分类任务中,人们总是喜欢基于错误率来衡量分类器任务的成功程度。错误率指的是在所有测试样例中错分的样例比例。实际上,这样的度量错误掩盖了样例如何被分错的事实。在机器学习中,有一个普遍适用的称为混淆矩阵(confusion matrix)的工具,它可以帮助人们更好地了解分类中的错误。

深度神经网络可视化工具

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本文主要总结一下神经网络可视化的一些工具,包括tensorflow的tensorboard,支持caffe中prototxt格式网络结构可视化工具Netscope,python的draw_net绘制网络模型,tensorflow的Neural Network Playground,可以直接在浏览器演示的ConvnetJS,word embedding visual inspector的wevi,以及Mengchen Liu 等人提出的一个可视化分析系统CNNVis,帮助机器学习专家更好的理解、分析、设计深度卷积神经网络。

LIDC-IDRI肺结节公开数据集Dicom和XML标注详解

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一、数据来源

  数据集采用为 LIDC-IDRI (The Lung Image Database Consortium),该数据集由胸部医学图像文件(如CT、X光片)和对应的诊断结果病变标注组成。该数据是由美国国家癌症研究所(National Cancer Institute)发起收集的,目的是为了研究高危人群早期癌症检测。

那些深度学习与计算机视觉之路上的大佬们

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本文整理、归纳了自己学习Deep Learning,Computer Vision方向看到的相关研究机构以及各位大佬们的信息。打算从事这个行业或者刚入门的朋友可以多关注、多了解一些CV的具体应用。搞研究的朋友也可以从中了解到很多牛人的研究动态、招生情况等。

有句话说得好,Sharing changes the world!,知识只有分享才能产生更大的价值,希望能对朋友们有所帮助。

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